Tytułowy "krwawy węzeł", symbol Vilcabamby, zaginionego miasta Inków, nawiązuje do pisma węzełkowego kipu, którego znaczenia do dziś nie udało się rozszyfrować. Akcja książki toczy się w dwóch płaszczyznach czasowych - XVI i XVIII wieku - i rozciąga od Madrytu aż po Andy. Wybrzeże Andaluzji, rok 1573. Tajemniczy Czarny Okręt, któremu przypisuje się sekretne misje dla Towarzystwa Jezusowego, przybija pewnej nocy do brzegów Hiszpanii. Na pokładzie statku znajduje się dwóch pasażerów - jezuita Cristóbal de Fonseca oraz pewna Indianka z Peru. Świadkowie tego zdarzenia, miejscowi rybacy, zostają wyeliminowani. Madryt, rok 1780. Inżynier wojskowy Sebastian de Fonseca zostaje uwikłany w serię zabójstw, które wydają się mieć związek z legendą o Czarnym Okręcie. Z ręki mordercy ginie troje ludzi: dyrektor trupy teatralnej wystawiającej sztukę Węzeł gordyjski, ojciec Sebastiana, Juan de Fonseca, i stryj Alvaro. Przed śmiercią Alvaro przekazuje bratankowi szesnastowieczną kronikę, będącą w posiadaniu rodziny od dwustu lat. Jej autor, hiszpański skryba Diego de Acuna, opisuje historię inkaskiej księżniczki Sirax oraz walkę Indian o przetrwanie i uratowanie dziedzictwa przodków przed Hiszpanami. W księdze są zakodowane informacje o Vilcabambie, zaginionej od wieków stolicy Inków, gdzie podobno ukryto bajeczne skarby. Sebastian postanawia odnaleźć legendarne miasto. Pomoże mu w tym piękna Metyska Umina, wywodząca się z królewskiego rodu. Niezależnie od siebie oboje wyruszają do Peru. W tym samym kierunku podążą też zabójca...